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En la batalla entre los Dragones del Cielo y los Dragones de la Tierra, la vidente de sueños Princesa Hinoto predice el fin de la humanidad. Kamui Shirou, un chico de 15 años, es la pieza central y debe elegir: aliarse con los Dragones de la Tierra para destruir la civilización y salvar el planeta, o con los Dragones del Cielo para rescatar a la humanidad. Siguiendo el último deseo de su madre, Kamui regresa a Tokio después de seis años de exilio voluntario. Allí intenta robar la Espada Sagrada del templo protegido por Kyougo Monou, el padre de sus amigos de infancia Fuuma y Kotori. Sin embargo, cuando el plan de Kamui falla, alguien misterioso logra obtener la espada. Convencida de que Kamui es el hombre de su profecía, Hinoto envía a los Dragones del Cielo tras él para reclutarlo a su causa. Aunque Kamui rechaza su destino al principio, los ataques constantes de los Dragones de la Tierra contra sus seres queridos lo obligan a decidir si la vida de sus amigos vale más que el destino de la Tierra, y finalmente elegir un bando.