Full Metal Panic! The Second Raid

Después de superar diversos eventos traumáticos, Sousuke Sagara, sargento mercenario de Mithril, y Kaname Chidori, una estudiante "Whispered", regresan a sus vidas normales en la preparatoria. Sousuke sigue esforzándose por adaptarse a la población civil mientras cumple su misión, mientras que Kaname intenta apoyarlo (aunque sus antics frecuentemente la sacan de quicio). Sin embargo, conforme sus vidas se calman, nuevos problemas comienzan a aparecer. La aparición de una organización terrorista independiente conocida como Amalgam y conflictos internos dentro de Mithril amenazan con romper la unidad en una serie de fracasos y traiciones. Y nuevos y poderosos modelos de Arm Slave empeoran aún más la situación cuando la paz mundial está en juego. Mientras Kaname y Sousuke enfrentan sus propias batallas internas en medio de combates que amenazan sus vidas, ¿lograrán tomar las decisiones correctas y cambiar su futuro?